Palei Nemuną, Lietuvos upių tėvą, nuo seno gyvenvietes kūrėsi baltų gentys, o vėliau čia kilo ir gynybinės pilys, padėjusios Lietuvos valstybei gintis nuo kryžiuočių ordino. Manoma, kad Panemunės pilies teritorijoje galėjo būti Lietuvos didžiojo kunigaikščio Vytenio dvaras, o pilies parke esančios kalvelės galinčios būti kunigaikščio ir jo žmonos kapais.
1753 m. pilį nusipirko Gulbinų seniūnas baronas pulkininkas Leonas Igelstromas. 1759 m. pilis atiteko Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės didikui, vėliavininkui, Akmenės seniūnui Antanui Gelgaudui, ir kurį laiką buvo vadinama Gelgaudų pilimi. 1783 m. po Antano Gelgaudo rekonstrukcijos Panemunės pilis įgijo daug klasicizmo stiliaus bruožų ir tapo prabangia Gelgaudų šeimos rezidencija. Po A.Gelgaudo mirties pilis atiteko sūnui Mykolui Gelgaudui, o 1828 m. jo žmonai Eleonorai Gelgaudienei ir vaikams Antanui bei Jonui. Abu broliai aktyviai dalyvavo 1831 m. sukilime. Antanas Gelgaudas tapo vyriausiuoju sukilimo vadu Lietuvoje, kovose žuvo, o brolis pasitraukė į Prūsiją. Abu pripažinti valstybiniais nusikaltėliais, jų pilis nusiaubta, o 1832 m. perimta caro valdžios nuosavybėn. 1867 m. pilį perėmė Gelgaudų turto paveldėtojas Stanislovas Puslovskis, tačiau jis nebeišlaikė didžiulės rezidencijos ir ji toliau nyko. 1925 m. Panemunės pilį nusavino Lietuvos valstybė, 1935 m. ji buvo perduota Švietimo ministerijos Archeologijos komisijai. 1939 m. ir vėliau vyko pilies konservavimo ir restauravimo darbai. 1961 m. pilis įtraukta į Lietuvos architektūros paminklų sąrašą. Nuo 1982 m. Panemunės pilis priklauso Vilniaus dailės akademijai.
Šaltinis: Lietuvos.Dvarai